L'ufficio di presidenza è composto dal presidente dell'Autorità e da otto membri nominati dall'assemblea fra i suoi componenti in base al criterio di rappresentanza territoriale. Non compie atti di amministrazione, ma svolge funzioni di supporto e di istruzione nei confronti del presidente e dell'assemblea. . In particolare, l'ufficio di presidenza: a) coadiuva il presidente nella predisposizione dell'ordine del giorno dell'Assemblea; b) svolge l'esame istruttorio degli atti da sottoporsi all'assemblea; c) svolge attività propositiva nei confronti dell'assemblea; d) può chiedere al presidente di convocare l'assemblea ovvero i rappresentanti di gruppi di Comuni in merito a questioni o provvedimenti di interesse specifico.
L'ufficio di presidenza, nominato dall'assemblea del 17 dicembre 2009, è attualmente composto da:
Annamaria Cancellieri, Commissario straordinario del comune di Bologna Daniele Manca, Sindaco di Imola (Delega permanente: Luciano Mazzini, Assessore all'ambiente) Marco Macciantelli, Sindaco di San Lazzaro di Savena Stefano Mazzetti, Sindaco di Sasso Marconi Lorenzo Minganti, Sindaco di Minerbio Valerio Toselli, Sindaco di Sala Bolognese Giovanni Maestrami, Sindaco di Loiano Augusto Casini Ropa, Sindaco di Savigno Graziella Leoni, Sindaco di Grizzana Morandi Marco Monesi, Sindaco di Castel Maggiore Roberto Poli, Sindaco di Casalfiumanese
